１～２カ月に一度、全会員が集まる「全体会議」のほか、世話人が随時集まり運営や渉外、緊急の課題について議論する「世話人会（コア会議）」、そして駅前の将来像実現のための機能別ワーキンググループ、この３つの集まりにより協議会が運営されています。
そして運営全体の事務局機能は、一般社団法人ひとネットワークひめじが担っています。

ワーキンググループ（ＷＧ）については、下記の５つが機能別に設置され活動をおこなっています。

＜イベント企画運営ＷＧ＞
○各種イベントを企画する機能
・賑わいを創出するイベント
・文化でおもてなしを実現するイベント
・防災意識の向上に資するイベント
・市民活動の発信に資するイベント
・その他エリアの特色を生かしたイベント
○各種イベントを運営する機能（行政、警察協議を含む）
○企業やアーティストなどの発信の場を提供する機能

＜財源・調査ＷＧ＞
○活動の財源確保する機能
○調査機能
・まちのあるべき姿を調査し方向性を立案する機能
・利用者ニーズを把握する機能

＜自転車ＷＧ＞
○来街者にやさしい移動を実現する機能
・自転車対策（サイクルポスト管理、自転車修理など）を立案、実施する機能
・来街者の移動手段の提供（人力車、ベロタクシーなど）

＜情報発信ＷＧ＞
○情報発信機能
・エリア内の各種情報発信
・播磨地域全般を対象とした各種情報発信
・サテライトスタジオ、案内所、情報モニターの活用
○まちのコンシェルジュ機能
・観光客、買い物客、ビジネス客、市民それぞれへの情報発信と相談窓口

＜官民協働ＷＧ＞
第７回協議会（H25.2.28）で設置が認められました。
行政と市民とが連携して、北駅前広場やサンクンガーデン、大手前通り歩道など公共空間の運営管理のかたちを考え、それを実現するために今後約２年間にわたり社会実験をおこなっていくことを目的としています。